实验室位于南宁三中科艺楼的东楼共6层，设有物理、化学、生物实验室和劳技课实验室共21间，具体分布为：一楼为化学通风实验室（1～4）4间，二楼为化学标准实验室（5～8）4间，三楼为生物综合实验室（1～4）4间，四楼为物理力学和光学实验室（1～4）4间，五楼为物理电学和热学实验室（5～8）4间，六楼为劳技课实验室1间。化学实验员办公室设在1楼，生物实验员办公室设在3楼，物理实验员办公室设在4、5楼。

实验室的每个功能室均设有64人的座位，满足各班实验教学的要求。化学实验室还配备了先进的通风排气设施，以保证学生实验的健康要求。实验室的仪器配备是按照国家双一类的标准配备，能基本满足单人单组实验的要求。