实验室位于南宁三中科艺楼的东楼共6层,设有物理、化学、生物实验室和劳技课实验室共21间,具体分布为:一楼为化学通风实验室(1~4)4间,二楼为化学标准实验室(5~8)4间,三楼为生物综合实验室(1~4)4间,四楼为物理力学和光学实验室(1~4)4间,五楼为物理电学和热学实验室(5~8)4间,六楼为劳技课实验室1间。化学实验员办公室设在1楼,生物实验员办公室设在3楼,物理实验员办公室设在4、5楼。
实验室的每个功能室均设有64人的座位,满足各班实验教学的要求。化学实验室还配备了先进的通风排气设施,以保证学生实验的健康要求。实验室的仪器配备是按照国家双一类的标准配备,能基本满足单人单组实验的要求。